Схема работы на кластере

Схема работы на кластере проиллюстрирована ниже на примере кластера "Уран" с использованием программ WinSCP и PuTTY (см. Программы удаленного доступа).

Для вычислений на компьютере или кластере нужен исполняемый файл программы и, как правило, исходные данные. Поскольку на компьютере пользователя обычно установлена операционная система Windows, а на кластере - Linux (разновидность UNIX), то для счета на кластере необходимо получить исполняемый файл с помощью одного из компиляторов кластера. Следовательно, на кластер должен быть переписан текст программы.
Для удаленного копирования файлов используется программа WinSCP.
Пользователь копирует файлы (текст программы, исходные данные) с персонального компьютера в свой домашний каталог на кластере:
на рисунке это копирование в /home/u9999, где u9999 - имя (идентификатор, login) пользователя на кластере.

Компиляция программ и запуск задач на счет осуществляются после входа на кластер через программу удалённого доступа PuTTY. Набирая в окне PuTTY соответствующие команды, пользователь выполняет на управляющей машине (хосте) нужные ему действия, в частности, компиляцию и запуск задач на кластере. При этом запуск задачи осуществляется с помощью постановки её в очередь на счет. Ведением очереди и стартом задач на вычислительных узлах занимается система SLURM. Во время счета параллельные вычислительные процессы задачи могут обмениваться данными по коммуникационной сети и имеют доступ к домашнему каталогу.
Пользователь в любой момент может получить информацию о своих задачах в очереди и о доступных ресурсах кластера.

Ускорение вычислений достигается лишь после преобразования последовательной программы в параллельную, обычно с применением стандартов MPI и OpenMP. Запуск задач на кластере осуществляется с учетом особенностей программ, в частности, с учетом использования MPI и/или OpenMP. Для отладки полезно запустить на кластере последовательный тестовый вариант программы. Так же как параллельные, последовательные (однопроцессные) программы должны запускаться путем постановки в очередь.
Для работы на кластере полезно ознакомиться с базовыми командами ОС UNIX.

Внимание! По правилам пользования вычислительным кластером "Уран" счетные задачи можно запускать лишь на вычислительных узлах кластера, используя команды системы SLURM srun, sbatch или упрощенную команду mqrun (см. раздел Запуск задач на кластере). Такое ограничение связано с тем, что исполняющиеся на хост-машине процессы счетного характера на длительное время занимают процессорные ядра хост-машины, затрудняя работу с кластером всех остальных пользователей.