В Ubuntu после установки пакета iptables-persistent конфигурация хранится в /etc/iptables/rules.v4. Системной команды для выгрузки/перезагрузки правил нет. Используются стандартные:
iptables-save > /etc/iptables/rules.v4
iptables-restore /etc/iptables/rules.v4
В CentOS конфигурация хранится в /etc/sysconfig/iptables. Сохранение/Перезагрузка:
systemctl save iptables
systemctl reload iptables