Компилятор G77 (GNU Fortran )основан на стандарте ANSI Fortran 77, но он включает в себя многие особенности, определенные в стандартах Fotran 90 и Fortran 95.

Синтаксис команды:

 g77 [-c?-S?-E]
     [-g] [-pg] [-Olevel]
     [-Wwarn...] [-pedantic]
     [-Idir...] [-Ldir...]
     [-Dmacro[=defn]...] [-Umacro]
     [-foption...] [-mmachine-option...]
     [-o outfile] infile...

 Все опции поддерживаемые gcc  поддерживаются и g77. Компиляторы С и g77 интегрированы.

Обращение:

g77 [option | filename]...

Исходные файлы:

source.f, source.for, source.FOR 

Значение некоторых опций:

Для получения полного описания g77 следует смотреть документацию по GNU Fortran. Об опциях g77 можно также получить информацию с помощью команд:

info g77

man g77

GСС - это свободно доступный оптимизирующий компилятор для языков C, C++.

Программа gcc, запускаемая из командной строки, представяляет собой надстройку над группой компиляторов. В зависимости от расширений имен файлов, передаваемых в качестве параметров, и дополнительных опций, gcc  запускает необходимые препроцессоры, компиляторы, линкеры.

Файлы с расширением .cc или .C рассматриваются, как файлы на языке C++, файлы с расширением .c как программы на языке C, а файлы c расширением .o считаются объектными.
 
Чтобы откомпилировать исходный код C++, находящийся в файле F.cc, и создать объектный файл F.o, необходимо выполнить команду:

gcc -c F.cc

Опция –c означает «только компиляция».

Чтобы скомпоновать один или несколько объектных файлов, полученных из исходного кода - F1.o, F2.o, ... - в единый исполняемый файл F, необходимо ввести команду:

gcc -o F F1.o F2.o

Опция -o задает имя исполняемого файла.

Можно совместить два этапа обработки - компиляцию и компоновку - в один общий этап с помощью команды:

gcc -o F <compile-and-link-options> F1.cc ... -lg++ <other-libraries>

<compile-and-link –options> - возможные дополнительные опции компиляции и компоновки. Опция –lg++ указывает на необходимость подключить стандартную библиотеку языка С++, <other-libraries> - возможные дополнительные библиотеки.
После компоновки будет создан исполняемый файл F, который можно запустить с помощью команды

./F <arguments>

<arguments> - список аргументов командной строки Вашей программы.
В процессе компоновки очень часто приходится использовать библиотеки. Библиотекой называют набор объектных файлов, сгруппированных в единый файл и проиндексированных. Когда команда компоновки обнаруживает некоторую библиотеку в списке объектных файлов для компоновки, она проверяет, содержат ли уже скомпонованные объектные файлы вызовы для функций, определенных в одном из файлов библиотек. Если такие функции найдены, соответствующие вызовы связываются с кодом объектного файла из библиотеки. Библиотеки могут быть подключены с помощью опции вида -lname. В этом случае в стандартных каталогах, таких как /lib , /usr/lib, /usr/local/lib будет проведен поиск библиотеки в файле с именем libname.a. Библиотеки должны быть перечислены после исходных или объектных файлов, содержащих вызовы к соответствующим функциям.

Опции компиляции

Среди множества опций компиляции и компоновки наиболее часто употребляются следующие:

GFortran - это название компилятора языка программирования Фортран, входящего в коллекцию компиляторов GNU.

Сборка FORTRAN-программы:
Синтаксис

gfortran [-c?-S?-E]
             [-g] [-pg] [-Olevel]
             [-Wwarn...] [-pedantic] 
             [-Idir...] [-Ldir...]
             [-Dmacro[=defn]...] [-Umacro]
             [-foption...]
[-mmachine-option...]
             [-o outfile] infile...

GFortran опирается на GCC, и, следовательно, разделяет большинство его характеристик. В частности, параметры для оптимизации и генерации отладочной информации у них совпадают.
GFortran используется для компиляции исходного файла, source.f90, в объектный файл, object.o или исполняемый файл, executable. Одновременно он генерирует модуль файлов описания встречающихся модулей, так называемый  nameofmodule.mod.

Для компиляции исходного файла source.f90, можно  запустить: gfortran source.f90

Выходной файл будет автоматически имени source.o. Это объектный файл, который не может быть исполнен. После того как вы собрали некоторые исходные файлы, вы можете соединить их вместе с необходимыми библиотеками для создания исполняемого файла. Это делается следующим образом: gfortran -o executable object1.o object2.o..., где исполняемым будет executable, objectX.o - объектные файлы, которые могут быть созданы, как указано выше, или в равной степени другими компиляторами  из источников в другом языке. Если  опущено имя  исполняемого файла, то  исполняемый файл будет с названием a.out. Исполняемый файл может быть выполнен, как и в любой другой программе. Можно также пропустить отдельный этап компиляции и ввести такую команду: gfortran o executable source1.f90 source2.f90, которая будет осуществлять сбор исходных файлов source1.f90 и source2.f90, связь и создаст исполняемый файл. Вы также можете поместить объектные  файлы в этой командной строке, они будут автоматически присоединены.

Компилятор Portland Group C (PGCC).

Компилятор PGCC для процессоров AMD64 и IA32/EM64T производит компиляцию программ C и линкует согласно опциям в командной строке.

Синтаксис команды:

pgcc [ -параметры ]... sourcefile...

• Параметры могут отсутствовать или содержать опции копилятора
• Суффиксы sourcefile указывают на вид файла:
       .c   - файл на C; обрабатывается препроцессором перед компиляцией; компилируется
       .i   - файл на C после обработки препроцессора; компилируется
       .s   - ассемблерный файл; передаётся ассемблеру
       .S   - ассемблерный файл; обрабатывается препроцессором; передаётся ассемблеру
       .o   -объектный файл; передаётся компоновщику
       .a   - библиотечный файл; передаётся компоновщику

Полный список опций компилятора можно посмотреть по команде man pgcc.
Некоторые важные опции компиляции для PGCC приведены ниже:

Компилятор The Portland Group Inc. Fortran (PGFortran).

Компилятор PGFortran  для процессоров AMD64 и IA32/EM64T производит компиляцию программ на Фортране и линкует согласно опциям в командной строке. PGFortran является интерфейсом для компиляторов pgf90 и pgf95.

Синтаксис команды:

pgfortran [ -параметры ]... sourcefile...

• Параметры могут отсутствовать или содержать опции копилятора
• Суффиксы sourcefile указывают на вид файла:
       .f       - файл на Фортране  с фиксированным форматом; компилируется
       .F      - файл на Фортране с фиксированным форматом; после обработки препроцессором -  компилируется
       .f90   - файл на Фортране в свободном формате; компилируется
       .F90   - файл на Фортране в свободном формате; после обработки препроцессором - компилируется
       .f95   -  файл на  Фортране в свободном формате; компилируется
       .F95  -  файл на  Фортране в свободном формате; после обработки препроцессором - компилируется
       .for    - файл на Фортране  с фиксированным форматом; компилируется
       .FOR  - файл на Фортране с фиксированным форматом; после обработки препроцессором - компилируется
       .fpp    - файл на Фортране с фиксированным форматом; после обработки препроцессором -  компилируется
       .s        - ассемблерный файл; передаётся ассемблеру
       .S       - ассемблерный файл; обрабатывается препроцессором; передаётся ассемблеру
       .o       - объектный файл; передаётся компоновщику
       .a       - библиотечный файл; передаётся компоновщику

Полный список опций компилятора можно посмотреть по команде man pgfortran.
Некоторые важные опции компиляции для PGFortran приведены здесь.

icc -команда для вызова компилятора Intel(R) (C или C++).

Синтаксис команды:

icc [параметры] file1 [file2] ...

• параметры  могут отсутствовать или содержать опции компилятора
• fileN – это файлы на языке  C или C++, сборочные файлы, объектные файлы, библиотеки объектов или другие линкуемые  файлы

Полный список опций можно посмотреть по команде man icc .

Некоторые важные опции компиляции для ICC приведены ниже:

ifort -команда для вызова компилятора Intel(R) Fortran.

Синтаксис команды:

ifort [параметры] file1 [file2] ...

• параметры  могут отсутствовать или содержать опции компилятора
• fileN – это файлы на языке  Fortran, сборочные файлы, объектные файлы, библиотеки объектов или другие линкуемые  файлы

Полный список опций можно посмотреть по команде man ifort .

Команда ifort интерпретирует входные файлы по суффиксу имени файла следующим образом:
Имена файлов с суффиксом .f90 интерпретируются как файлы в свободной форме записи  на Fortran 95/90.
Имена файлов с суффиксом .f, .for или .ftn интерпретируются как фиксированная форма записи для  Fortran  66/77  файлов.

В Fortran 90/95, наряду с фиксированным форматом исходного текста программы, разрешен свободный формат. Свободный формат допускает помещение более одного оператора в строке, при этом в качестве разделителя используется точка с запятой. Признак продолжения оператора на строку продолжения - символ & - указывается в конце той строки, которую надо продолжить. Комментарии записываются после символа восклицательный знак в начале строки или в любой позиции строки после оператора. В свободном формате пробелы являются значащими.

Некоторые важные опции компиляции для Intel Fortran приведены ниже:

Сообщество пользователей CUDA ВМК МГУ (выложены лекции в виде слайдов и есть активный форум, на котором можно задавать вопросы по CUDA. В работе форума активно участвуют сотрудники Nvidia)
https://sites.google.com/site/cudacsmsusu/home

CUDA zone: сборник приложений на CUDA, многие с документацией и исходными кодами
http://www.nvidia.ru/object/cuda_apps_flash_new_ru.html#state=home

Записи семинаров по CUDA:
a) введение в CUDA
http://www.gotdotnet.ru/blogs/parallel-computing/9966/
b) библиотеки с поддержкой CUDA
http://www.gotdotnet.ru/blogs/parallel-computing/10070/
c) отладка и профилировка CUDA приложений
http://www.gotdotnet.ru/blogs/parallel-computing/10362/

Чтобы быстро задействовать GPU (хотя и с меньшей эффективностью) можно использовать директивные средства распараллеливания, а именно PGI Accelerator, доступ к триальной версии которого можно получить на месяц бесплатно
http://www.nvidia.ru/object/openacc-gpu-directives-ru.html

вот ссылки на записи презентаций по применению данного ПО для C и Fortran кодов
http://youtu.be/5tDhWkSc4BI
http://youtu.be/MjGEcZ7LHAQ

25 июня по 7 июля 2012 в Москве в МГУ будет проходить Международная Летняя Суперкомпьютерная Академия, на которой будут курсы по CUDA.
http://academy.hpc-russia.ru/

Intel VTune Amplifier – мощный инструмент для сбора и анализа данных о производительности кода (профилировки) последовательных и параллельных приложений (программ). Явное указание на участки кода, выполняющиеся дольше всего, и определенная детализация причин задержек могут помочь в модификации программы и тем самым существенно ускорить её исполнение. Можно профилировать код, написанный на C, C++, C#, FORTRAN, Java и Assembly. VTune Amplifier проектировался (и работает) для программ со взаимодействием через общую память, поэтому код с MPI и/или OpenMP может быть профилирован, если он выполняется на одном узле.

VTune Amplifier позволяет запустить удаленный анализ на вычислительном узле кластера и просмотреть результаты сбора данных на хосте (головном узле). Для сбора данных на кластере используется интерфейс командной строки amplxe-cl (Intel® VTune™ Amplifier Command Line Interface). Для просмотра результатов удобно использовать графический интерфейс (GUI), который вызывается командой amplxe-gui.

• Подготовка к работе с VTune Amplifier
• Сбор данных на вычислительном узле
• Визуализация результатов в графическом интерфейсе на хосте
• Пример

Подготовка к работе с VTune Amplifier

1. Построить приложение как обычно, с той же опцией оптимизации (-O), но с добавлением опции -g (отладочного режима компиляции) для команд icc, gcc, mpicc, ifort и т.д. Это позволяет профилировать на уровне исходного языка. Рекомендуется использовать (попробовать), например, -O3, чтобы сосредоточиться на оптимизации регионов, не учитываемых компилятором.

2. Установить VTune окружение, выполнив команду:

source /opt/intel/vtune_amplifier_xe/amplxe-vars.sh

Сбор данных на вычислительном узле

1. Для профилировки на кластере приложение должно запускаться исполняемым файлом amplxe-cl. Рекомендуется начать со сбора горячих точек (collect hotspots), т.е. с нахождения самых трудоемких функций в приложении. В этом случае запуск на кластере профилировки последовательной программы my_app может иметь вид:

srun  amplxe-cl  -collect hotspots  ./my_app

По умолчанию в рабочем каталоге пользователя будет создан подкаталог с именем r000hs (при первом запуске), в который будет записан файл вида r000hs.amplxe с полученной информацией. При этом hs – аббревиатура типа анализа (hotspots), 000 – номер, который будет автоматически увеличиваться при следующих запусках.
Имя каталога может быть задано опцией -r (или -result-dir), например,

srun  amplxe-cl  -collect hotspots  -r my_res  ./my_app

Сбор данных (для чистоты эксперимента) желательно проводить на одном и том же узле или разделе кластера с одинаковыми узлами, используя соответствующие опции -w, -p.

2. Для приложений, использующих MPI, необходимо установить не только опцию -n для запроса количества процессов, но и -N 1, чтобы задача полностью находилась на одном вычислительном узле. VTune не способен собирать данные по нескольким узлам!
Опция -gtool (только в Intel MPI, устанавливается по команде mpiset 8) позволяет запускать анализ лишь на выбранных процессах, последовательных или многопоточных (см., например, Профилировка гибридных кластерных приложений MPI+OpenMP).

3. Поскольку основным на кластере является пакетный режим, то запуск приложения для профилировки лучше осуществлять командой sbatch.

Замечания.
1) Для доступа к полной документации команды amplxe-cl в используемой версии VTune следует набрать
    amplxe-cl -help
    amplxe-cl -help collect    - уточнить информацию для конкретного действия (action) collect
    amplxe-cl -help collect hotspots    - дополнительно о типе анализа hotspots и т.п.
2) Можно получить образец нужной команды amplxe-cl, используя возможность генерации этой команды в VTune Amplifier GUI. Следует создать проект, выбрать нужный тип анализа и нажать на клавишу Command Line (подробнее command generation feature на сайте Intel).
Не рекомендуется нажимать на клавишу Start, так как это вызовет запуск приложения на хосте, что может замедлить обслуживание задач других пользователей. Запуск на хосте допустим в крайнем случае для очень коротких задач, не более нескольких минут.
3) Документацию по команде amplxe-cl можно посмотреть на сайте Intel в разделе Intel® VTune™ Amplifier Command Line Interface или найти в GUI в разделе Help, обозначенным в меню вопросительным знаком (?).

Визуализация результатов в графическом интерфейсе на хосте

Для просмотра результатов можно запустить GUI командой

amplxe-gui  &

и в открывшемся окне нажать на кнопку меню ≡ (вверху справа), выбрать пункт Open/Result... и найти файл-результат (например, my_res.amplxe в каталоге my_res).
Из рабочего каталога задачи достаточно запустить GUI командой

amplxe-gui  my_res  &

где my_res - каталог с результатами профилировки.
Замечания.
1) VTune Amplifier GUI можно запустить из MobaXterm или X2Go Client.
2) Предполагается, что запуску GUI предшествовала установка VTune окружения.
3) & – не обязательный символ. Он используется для запуска с освобождением командной строки.

Окно с результатами откроется на вкладке Summary (итоговая страница).
Раздел Top Hotspots укажет на наиболее трудоемкие (затратные по времени) функции/подпрограммы приложения пользователя.
Гистограмма использования CPU (CPU Usage Histogram) показывает загрузку одновременно работающих процессоров (CPUs). Она предназначена для параллельных кодов.

Дополнительную информацию можно увидеть, щелкнув на вкладках Bottom-up или Top-down Tree.
Двойной щелчок на строке с именем функции на вкладке Bottom-up приведет к исходному коду приложения и покажет использование CPU относительно отдельных строк. Это укажет на области, на которых следует сфокусировать усилия по оптимизации приложения.

После модификации кода и запуска приложения можно сравнить результаты, полученные до и после оптимизации.
Для этого удобнее воспользоваться GUI

amplxe-gui  &

Затем в открывшемся окне нажать на кнопку меню ≡, выбрать пункт New/Compare Results..., указать нужные файлы и нажать кнопку Compare.

Пример

Опробовать Intel VTune Amplifier можно на примере приложения ray-tracer с именем tachyon из каталога /opt/intel/vtune_amplifier_xe/samples/en/C++.
Соответствующий файл tachyon_vtune_amp_xe.tgz следует
1) скопировать в свой домашний каталог,
2) распаковать архиватором tar

tar zxf tachyon_vtune_amp_xe.tgz

3) получить исполняемый файл tachyon_find_hotspots, выполнив команду

make

4) запустить его на кластере из текущего рабочего каталога

srun ./tachyon_find_hotspots

для получения baseline (показателя производительности), с которым в дальнейшем будет проводиться сравнение.
В данном примере это строка вида

CPU Time: 15.211 seconds.

Заметим, что диагностика Can't open X11 display выдается, поскольку задача выполняется на вычислительном узле.
5) далее можно перейти к профилировке программы tachyon_find_hotspots на кластере, как описано выше.

Intel® Advisor XE предназначен помочь в достижении максимальной производительности Fortran, C и C ++ приложений, упрощая и улучшая параллелизацию вычислений.
Intel Advisor XE объединяет 2 инструмента оптимизации кода:
1) Vectorization Advisor – инструмент векторизации кода.
Vectorization Advisor позволяет идентифицировать циклы, которые в наибольшей степени выиграют от векторизации; определить, что блокирует (мешает) эффективную векторизацию; исследовать преимущества альтернативной реорганизации данных и повысить уверенность в том, что векторизация безопасна. Vectorization Advisor не только показывает расширенные (по сравнению с компилятором) отчеты по оптимизации, делая это удобным для пользователя способом, но и выдает рекомендации по оптимизации.
2) Threading Advisor – инструмент проектирования многопоточного кода.
Threading Advisor позволяет анализировать, проектировать, настраивать и проверять варианты проектирования потоков без реальной модификации программы.

Intel Advisor XE позволяет запустить удаленный анализ приложения на вычислительном узле кластера, используя интерфейс командной строки (CLI), а именно команду advixe-cl, и просмотреть результаты сбора данных на управляющей машине, используя более удобный по сравнению с CLI графический интерфейс (GUI), который вызывается командой advixe-gui. Из главного окна GUI доступна справочная информация для текущей версии (например, из пункта меню Help (?)).

• Начальные действия
• Сбор данных на вычислительном узле
• Просмотр результатов в GUI на хосте
• О примерах

Начальные действия

1. Анализ с помощью Advisor XE предназначен для работающих приложений (программ).
Для проведения анализа, прежде всего, следует построить приложение с опциями -g и -O2 (или выше) и проверить его работоспособность.
Замечание. Опция -g используется для запроса полной отладочной информации.
Опция –O[n] задает уровень оптимизации. Для компиляторов Intel при значении -O2 (или выше) возможна векторизация (включены опции –vec и -simd). При этом опция -O2 установлена по умолчанию.

Запускать приложение с Advisor XE следует в том же окружении, т.е. используя ту же команду mpiset (или соответствующий модуль установки переменных окружения).

Для MPI программ следует устанавливать окружение командой

mpiset 8

2. До использования любой из команд advixe-cl или advixe-gui должно быть установлено Intel Advisor XE окружение командой

source /opt/intel/advisor/advixe-vars.sh

Сбор данных на вычислительном узле

Каждому виду оптимизации в Intel Advisor (vectorization/threading) соответствуют определенные этапы анализа приложения, которые объединены в так называемые рабочие процессы (workflows), а именно: Vectorization workflow и Threading workflow. Шаг за шагом выполняя пункты workflows, анализируя возможности распараллеливания кода и оценивая предполагаемую выгоду, пользователь реализует рекомендованные предложения и продвигается в понимании того, что препятствует дальнейшей оптимизации приложения, можно ли её достичь и как.
Подробная информация об этапах анализа приложения приведена в документации Intel, в частности проиллюстрирована в Get Started with Intel Advisor , а также может быть получена по команде

advixe-cl -help workflow

Анализ приложения на кластере следует начать с профилировки (поиска горячих точек) с помощью команды advixe-cl. Запуск её на кластере может иметь вид

srun advixe-cl -collect survey -project-dir ./surv -search-dir src:r=./src -- ./my_app

где
-collect survey означает собрать данные с учетом указанного типа анализа (survey);
-project-dir ./surv задает каталог surv для записи данных в текущем каталоге;
-search-dir src:r=./src обеспечивает доступ к исходным текстам (рекомендуется);
./my_app – исполняемый файл приложения в текущем каталоге.

Запуск анализа MPI приложения на 4-х ядрах одного узла осуществляется командой

sbatch myrun.sh

со скриптом myrun.sh вида:

#!/bin/bash
#SBATCH -t 30 -n 4 -N 1 -L intel --mem-per-cpu 4950 --input /dev/null --job-name mpi.adv --output output --error errors  

/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/mpi/bin64/mpirun "advixe-cl" "--collect" "survey" "--project-dir" "./mpi_surv" "--search-dir" "src=./my_src"  "--" "./my_mpi_app"

Для импорта результатов анализа, полученного например 3 процессом, следует выполнить команду вида:

advixe-cl -project-dir ./mpi_surv_3 -import-dir ./mpi_surv -search-dir src=./my_src -mpi-rank=3

Эта команда в текущем рабочем каталоге создает каталог проекта mpi_surv_3, доступный для просмотра в GUI.

Каталоги, задаваемые опцией -project-dir (surv, mpi_surv в примерах выше), – это для собранных данных каталоги верхнего уровня. Результаты для последовательных и OpenMP приложений хранятся в каталоге surv/e000, а для n-го процесса MPI приложения – в каталоге mpi_surv/rank.n. В этих каталогах можно увидеть подкаталоги hsxxx, trcxxx, stxxx, dpxxx и mpxxx в зависимости от использованного типа анализа .

Замечание. Полная информация (синтаксис с примерами) об advixe-cl может быть выдана по команде

advixe-cl -help

Уточнить информацию о действии collect позволяет команда

advixe-cl -help collect

Типы анализа:
survey – помогает найти затратные по времени циклы и функции, так называемые «горячие точки» (hotspots), а также дает рекомендации по устранению проблем векторизации и советует, где добавить эффективную векторизацию и/или многопоточность.
tripcounts – собирает статистику по итерациям циклов, что позволяет принять лучшее решение о векторизации одних циклов или о стратегии потоков для других. Этот анализ проводится после survey, т.к. его результаты отражаются в отчете survey.
suitability – предсказывает максимальное ускорение приложения при моделировании многопоточного исполнения. Предсказание строится на основе вставленных аннотаций и ряда параметров моделирования «что-если», с которыми можно экспериментировать для выбора лучших участков при распараллеливании потоками.
dependencies – проверяет зависимости реальных данных в циклах, которые компилятор не векторизовал из-за предполагаемой зависимости, а также предсказывает проблемы совместного использования параллельных данных, базирующихся на вставленных аннотациях. В случае векторизации следует лучше характеризовать зависимости реальных данных, которые могут сделать принудительную векторизацию небезопасной. В случае предполагаемого использования многопоточного распараллеливания исправить проблемы с совместным использованием данных имеет смысл, если прогнозируемая выгода от максимального ускорения оправдает усилия.
Для этого типа анализа приложение строится с опциями -g и -O0. Входные данные следует сократить настолько, насколько возможно, чтобы минимизировать время счета.
map (Memory Access Patterns) – для отмеченных циклов проверяет наличие проблем с доступом к памяти, таких как несмежный (non-contiguous) или неединичный (non-unit stride) доступ.

Просмотр результатов в GUI на хосте

Для просмотра результатов проведенного анализа можно выполнить команду вида:

advixe-gui surv &

Для удобства команда выполняется с освобождением командной строки (символ &). Использование & необязательно.
После запуска GUI в открывшемся окне следует выбрать Show My Result, после чего появится окно с панелями: Summary (открывается по умолчанию), Survey & Roofline, Refinement Reports, общими для вкладок Vectorization Workflow и Threading Workflow. По умолчанию открываются отчеты для Vectorization Workflow.
Summary показывает метрики программы (затраченное время, количество потоков) и циклов, выигрыш / эффективность векторизации, наиболее затратные по времени циклы, информацию о платформе.
Survey & Roofline детализирует информацию с учетом типа анализа, показывает исходный код, причины отсутствия векторизации циклов и рекомендации по улучшению кода.
Refinement Reports отображает отчет о шаблонах доступа к памяти (non-unit stride, …) и отчет о зависимостях.
Замечание. Можно получить образец с опциями нужной команды amplxe-cl -collect, используя возможность генерации этой команды в GUI. Выбрав нужный тип анализа, в строке Collect нажать на кнопку Get Command Line.

О примерах

Полезно познакомиться с Intel Advisor на предлагаемых разработчиками примерах. В частности, используя Threading Advisor, исследовать возможность распараллеливания кода для создания многопоточного приложения для программы Tachyon (/opt/intel/advisor/samples/en/C++/tachyon_Advisor.tgz).
Для этого надо скопировать её в свой домашний каталог, распаковать архиватором tar, используя команду

tar zxf tachyon_Advisor.tgz

и дальше следовать рекомендациям из файла README.
Замечание. Анализ тестовой программы tachyon_Advisor проводится в рамках GUI, а следовательно, на управляющей машине кластера. В данном случае это допустимо, поскольку анализ занимает секунды. Полученный же начальный опыт работы в GUI может в дальнейшем пригодиться при анализе своих результатов, собранных на кластере с помощью команды advixe-cl.

Для погружения в тему, помимо обширной документации Intel, могут оказаться полезными (с поправкой на версию), например, следующие статьи:
1. От последовательного кода к параллельному за пять шагов c Intel® Advisor XE, где достаточно подробно описан и проиллюстрирован поэтапный (Survey Target, Annotate Sources, Check Suitability, Check Dependencies) анализ программы tachyon_Advisor.
2. Новый инструмент анализа SIMD программ — Vectorization Advisor, где пошагово (Survey Target, Find Trip Counts, Check Dependencies, Check Memory Access Patterns) проводится исследование кода на векторизацию.

Intel® Inspector XE – инструмент динамического анализа корректности кода, т.е. анализа исполняемого процесса. Inspector XE предназначен для поиска ошибок памяти и проблем, возникающих при взаимодействии потоков, в последовательных и многопоточных приложениях. Инспектировать можно код, написанный на C, C++, C# и Fortran.

Intel® Inspector XE позволяет запустить удаленный анализ на вычислительном узле кластера и просмотреть результаты сбора данных на хосте. Для сбора данных на кластере используется интерфейс командной строки inspxe-cl (Command Line Interface Support). Для просмотра результатов удобно использовать графический интерфейс (GUI), который вызывается командой inspxe-gui.

• Подготовка к запуску
• Запуск Intel Inspector на вычислительном узле
• Выдача результатов анализа

Подготовка к запуску

1. Intel Inspector XE проверяет весь исполненный код и не требует специальной перекомпиляции программ. Тем не менее рекомендуется включать в сборку приложения (его отладочной версии с -O0 или релиза) опцию -g для обеспечения связи исполняемого кода с исходным текстом.
Рекомендуется работать в окружении, устанавливаемом командой

mpiset 8

2. Для работы инспектора следует установить Intel Inspector XE окружение, выполнив команду:

source /opt/intel/inspector/inspxe-vars.sh

Примечание.
1. Поиск ошибок памяти (утечки, доступ к неинициализированной памяти и др.) связан с реально возникающими проблемами, поэтому рекомендуется использовать полный набор данных.
2. При поиске ошибок многопоточности (гонки данных, взаимные блокировки и др.) инспектор ищет потенциальные проблемы взаимодействия потоков, поэтому нагрузку на приложение для экономии времени лучше снизить, например уменьшить размер входных данных. При этом в процессе тестирования надо стремиться активизировать разные ветви кода, поскольку будет проанализирован только исполненный код. Так, взаимная блокировка будет найдена, даже если существует только потенциальная возможность её появления в исполнившихся ветках кода. Вот почему проверка потоков иногда сообщает об ошибках в программе, даже если программа выдает (имеет) правильный вывод.

Запуск Intel Inspector на вычислительном узле

Выполнение анализа инициируется командой inspxe-cl с указанием действия collect (сбор данных). Запустить её на кластере можно с помощью команд srun, sbatch или mqrun (см. Запуск задач на кластере). Например для последовательной программы (-n 1):

mqrun -n 1 inspxe-cl -collect mi1 -search-dir all:r=../ -- ./app

где
действие -collect mi1 означает собрать данные об ошибках памяти с учетом типа анализа mi1;
опция -search-dir all:r=../ задает родительский каталог в качестве начального для рекурсивного (r) поиска всех (all) типов файлов (bin, src, sym);
app – исполняемый файл приложения в текущем рабочем каталоге (./).

Основные типы анализа:
mi1 Detect Leaks
mi2 Detect Memory Problems
mi3 Locate Memory Problems
ti1 Detect Deadlocks
ti2 Detect Deadlocks and Data Races
ti3 Locate Deadlocks and Data Races
Рекомендуется начать с первого уровня анализа (mi1, затем ti1), который характеризуется очень низкими накладными расходами (см. Collecting Result Data from the Command Line).
Замечания.
1. Для доступа к текущей документации о команде inspxe-cl следует набрать

inspxe-cl -help

Уточнить информацию о действии collect позволяет команда

inspxe-cl -help collect

2. Можно получить копию команды inspxe-cl -collect, которая будет выполнена в графическом интерфейсе Intel Inspector. Для этого, после вызова GUI:

inspxe-gui &

создать, например, проект (выполнив New Project...), затем в главном окне выбрать New Analysis..., в открывшемся окне Configure Analysis Type выбрать тип анализа (например, Detect Leaks) и, нажав на кнопку Get Command Line, получить соответствующую команду.

Выдача результатов анализа

Собранные данные по умолчанию записываются в результирующий каталог с именем вида r@@@{at}, где
@@@ - следующий доступный номер для результата в текущем рабочем каталоге, 000 – начальный номер;
{at} – код типа анализа (analysis type).
Результирующий каталог, например r000mi1, содержит результирующий файл с тем же именем и расширением inspxe, например r000mi1.inspxe, а также краткий (суммарный, Summary) отчет в файле inspxe-cl.txt.
Краткий отчет включает общее число проблем, их типы, время старта и окончания анализа.
Замечание. Используя опцию -result-dir в команде inspxe-cl -collect, можно задать свой результирующий каталог. При этом к его имени можно приписать до 5-и знаков @. Это удобно в скриптах: не надо будет обновлять имя каталога каждый раз.

После каждого анализа следует посмотреть краткий отчет в файле inspxe-cl.txt. Если обнаружены проблемы, то можно открыть результат для визуализации в GUI или использовать команду inspxe-cl -report для генерации отчетов одного или более типов из полученного результата. Подробнее о команде см.:

inspxe-cl -help report

Для просмотра результатов проведенного анализа в GUI можно выполнить команду inspxe-gui с указанием результирующего каталога, например:

inspxe-gui r000mi1 &

или выполнить вызов GUI:

inspxe-gui &

и в открывшемся окне, выбрав Open Result, перейти в каталог с результатами анализа и открыть соответствующий файл, например файл r000mi1.inspxe в каталоге r000mi1.