Стандартная библиотекой языка Си использует системные вызовы для доступа к файловой системе, однако добавляет к этим вызовам некоторую дополнительную обвязку - буферизацию, преобразование символов конца строки в текстовых файлах и т.п.
Если хочется воспользоваться стандартными библиотечными функциями fprintf, fscanf и т.п. то можно создать структуру FILE на основе существующего дескриптора:
FILE *fp=fdopen(int fd, const char *mode); //mode как в fopen вида “rb” или “w” и т.п.