Вы здесь

Программное обеспечение кластеров

Программное обеспечение кластера (трансляторы, библиотеки, пакеты прикладных программ и т. д.) обновляется и пополняется при выходе новых версий и по запросам пользователей (на адрес parallel@imm.uran.ru). Для компиляции программ доступны Intel компиляторы (бесплатно для некоммерческого использования в версиях Linux), свободно распространяемые компиляторы серии GCC (GNU Compiler Collection) и компиляторы Portland Group (PGI) с языков C , C++ , Fortran:

Intel    (icc, icpc, ifort)
GNU      (gcc, g++, gfortran, g77)
PGI      (pgcc, pgcpp, pgf77, pgf90, pgf95)

Для трансляции Паскаль-программ можно воспользоваться Free Pascal Compiler (fpc).

На кластере установлено программное обеспечение (ПО) фирмы Intel для профилировки и отладки – Intel Parallel Studio XE. Это ПО позволяет находить наиболее нагруженные места в приложении, подсчитывать степень параллельности программы, находить тупики и гонки в параллельных программах и т.д. Основные инструменты Advisor XE, Inspector XE и Vtune Amplifier XE находятся в соответствующих папках в каталоге /opt/intel.

Графический интерфейс (GUI) запускается командами

/opt/intel/advisor/bin64/advixe-gui
/opt/intel/inspector/bin64/inspxe-gui
/opt/intel/vtune_amplifier_xe/bin64/amplxe-gui

Внимание! По умолчанию отлаживаемая программа будет запускаться на управляющей машине кластера и мешать другим пользователям. Как запустить последовательную/параллельную программу на узлах кластера подробно описано в справке, которая доступна по кнопке (?) в GUI (а в формате html на кластере в папках /opt/intel/*/documentation/) или на сайте Intel https://software.intel.com/en-us/intel-software-technical-documentation.
Для организации межпроцессного взаимодействия можно использовать следующие библиотеки обмена сообщениями, реализующие стандартMPI:

MVAPICH2
OpenMPI
MPICH2

MPI (Message Passing Interface) ориентирован, прежде всего, на системы с распределенной памятью. Возможно распараллеливание программ и с помощью стандарта OpenMP (Open Multi-Processing), ориентированного на системы с общей памятью, а также стандартов CUDA и OpenACC (Open Accelerators), нацеленного на использование графических процессоров (GPU). В компиляторах Portland Group реализованы как OpenMP, так и OpenACC.

Для смены компиляторов и библиотеки MPI, а также выбора других пакетов прикладных программ используйте модули установки переменных окружения .

Доступные пакеты

Имеются академические лицензии на пакеты Matlab и ANSYS CFX Academic Research. Информация о запуске программ из этих пакетов находится в разделе ""Запуск задач на кластере"; "Использование системы Matlab для параллельных вычислений" - краткая инструкция; "Параллельный Matlab - полная инструкция. "

Запуск программ из пакета ANSYS

Установлены по запросам и используются пакеты OpenFOAM, GAMESS, SIESTA, VASP и др.