Предварительно надо установить пакет git-filter-repo. В Linux он устанавливается из репозитория, в Windows через pip
git clone <url-to-original-repo> original-repo-migration
cd original-repo-migration
На всякий случай удаляем origin, чтобы случайно не запушить изменения на сервер
git remote remove origin
git-filter-repo --subdirectory-filter path/to/my-subdirectory --force
git remote add origin <url-to-new-repo>
# main/master в зависимости от того, как называется главная ветка
git push -u origin master